城市需要英雄来拯救,黑暗降临纽约,大反派施莱德和他率领的异族用铁腕压制一切,从警察到政客都被其所控制。神龟们和无畏的女记者爱普莉尔以及聪明的摄像师菲诺通力合作,摧毁施莱德的恐怖计划,让这座城市重新恢复
城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、韦恩·芬威克,及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶
在围剿斯克鲁人的战斗中,克里人星际战队成员弗斯不幸成为对方的俘虏。斯克鲁人尝试探究弗斯的记忆,最终发现连弗斯本人都不知道的一段往事,进而也得知名为温迪?劳森博士的女子掌握着他们急于得到的时空引擎。趁对